Pertubuhan ini pada peringkat permulaannya dikenali sebagai Persatuan Pemimpin Islam SBP (PPI SBP) setelah usaha untuk menubuhkannya dimulakan pada bulan Januari 2006.  Idea awalnya adalah untuk menubuhkan rangkaian kerjasama antara badan da’wah dan rohani (BADAR) SBP.  Hasrat murni disampaikan kepada hampir semua pemimpin BADAR SBP ketika itu. Tugas pada peringkat ini dilaksanakan oleh pihak Badan Nahdhah Islamiah (BANI) Kolej Melayu Kuala Kangsar (MCKK) yang merupakan kumpulan perintis bagi penubuhan PPI SBP dan masih lagi berada di bangku persekolahan peringkat SPM.

Pada awal Januari 2007, gagasan ini dimurnikan lagi dan nama PPI SBP ditukarkan menjadi Alumni Pelajar Islam Sekolah Berasrama Penuh (APIS) sejajar dengan peranannya yang merangkumi kedua-dua kelompok pelajar dan bekas pelajar. APIS terus bergerak aktif dalam membantu memberi kefahaman dan penghayatan Islam bagi kedua-dua kelompok pelajar dan bekas pelajar SBP secara khususnya dan kepada umat Islam secara umumnya.

Pada 22 Disember 2009, permohonan untuk mendaftarkan APIS sebagai NGO telah dikemukakan kepada Pejabat Pendaftaran Pertubuhan Wilayah Persekutuan Kuala Lumpur dan insya ALLAH proses untuk meluluskannya sedang dijalankan oleh pihak Pendaftar Pertubuhan.

Pada 2 Oktober 2012, pihak Jabatan Pendaftaran Pertubuhan telah meluluskan pendaftaran APIS.